In het staatsblad van 8 januari 1815 verscheen een oproep aan alle gemeenten om een tekening van het bestaande of gewenste wapen aan de Hoge Raad van Adel te sturen, om daarop de Koninklijke goedkeuring en de nodige registratie te verkrijgen. Ook Vlissingen voldeed aan die oproep. De Hoge Raad van Adel bevestigde bij besluit van 31 juli 1817 het wapen van Vlissingen "zijnde van keel (=rood), beladen met een Jacoba's kruikje van zilver, gekroond, geketend en gesierd van goud. Het schild gedekt met een kroon, mede van goud". De vlag is pas formeel door de gemeenteraad van Vlissingen bevestigd en vastgesteld bij besluit van 31 augustus 1973. De beschrijving luidt: 'Rood met op het midden een wit jacobakannetje, geel geketend en gesierd en erboven een gele kroon van drie bladeren en twee parels, een en ander ter hoogte van vier vijfde van de vlaghoogte'. Ook hierbij is het niet duidelijk wanneer men gekozen heeft voor deze vlag. Op schilderijen uit de 17e eeuw is een dergelijke vlag al regelmatig te zien. Kapers en piraten voerden een zwarte vlag als ze bereid waren tot onderhandeling m.b.t overgave en een rode vlag (bloedvlag) als er geen genade wordt geschonken of verwacht en op leven en dood wordt gevochten. Op de vlag was een herkenningsteken aangebracht, om duidelijk te maken met wie je van doen had. Vlissingse kapers gebruikten een bloedvlag met de Jacobakruik.Op schilderijen uit de 17e eeuw is een dergelijke vlag al regelmatig te zien.